Fa festa il team Honda Asia al termine delle Qualifiche del GP del Giappone, dominate dai suoi due portacolori. È stato infatti Somkiat Chantra ad assicurarsi la pole position per la gara nel Paese del Sole Levante, ritoccando il record di Johann Zarco della pista di Motegi con il crono di 1’49”898, con cui ha messo un decimo di distanza tra sé e il suo compagno di squadra, Ai Ogura. Gran prova anche per Jake Dixon che completa la prima fila dopo essere transitato dalla Q1, insieme a Alonso Lopez, Darryn Binder (18°) e Zonta Van den Goorbergh (15°).
Ad aprire la seconda fila sarà invece il leader del Mondiale Pedro Acosta, che si sistemerà in quarta posizione, accompagnato da Filip Salac e Alonso Lopez, il quale dovrà scontare un doppio Long Lap penalty per l'incidente causato in India. Seguono Aron Canet, Sam Lowes e Fermin Aldeguer, in terza fila davanti a Manuel Gonzalez, Joe Roberts e Marcos Ramirez.
Qualifica complicata per i piloti italiani, con Tony Arbolino che non è riuscito ad andare più in là del 13° tempo e prenderà il via una fila più avanti rispetto a Dennis Foggia, 16°. Partirà 28° Alberto Surra, mentre Mattia Casadei chiuderà lo schieramento dopo una scivolata in Curva 6 nel corso della Q1.